世界各地人口神秘失踪后，反乌托邦世界中的交战势力为全人类的灵魂而战。新全球政府（NG）试图消灭残余势力，一群反抗者却拥有一本极其珍贵的超自然之书，这本书揭示了如何使用非此世的武器对抗NG。残余势力发现了自己的命运，这预言了邪恶势力在各国崛起。战争和战争的谣言最终演变成一场精神斗争，这场斗争将决定被遗弃的人类的命运。许多人将找到自己的声音、勇气和命运，他们将献出自己的生命来拯救未来。

美妙旋律第三季故事是发生在第一季的七年以后、第二季的四年以后，美爱等人已经从pretty top毕业并且学有所成。本作将有别于前作，以平行世界的东京、原宿作为舞台，原本只以"流行"及"舞蹈"为比赛中心的内容，更增添了一项新的"音乐"要素，描述一群能感知音乐的颜色、热度和味道的主角们，站上星光舞台达成梦想的故事。 主角彩濑奈露是个只要听音乐就能感受到声音的颜色，想像力丰富的中学二年级女孩，擅长装饰各式小物擅长装饰各式小物，梦想是希望能够开一间如「Dear Crown」那样引领时尚潮流的店。一天，她得知了即将开设的新店铺，将募集会跳三棱镜舞蹈的女中学生作店长。奈露也参加了甄选，并在众多参加者中脱颖而出，一路来到了最终面试。